कृषि क्षेत्रमा वितरण हुँदै आएको अनुदान रकम दुरुपयोग भएको महालेखापरीक्षकको ५८औँ प्रतिवेदनले औँल्याएको छ । सरकारले कृषि उत्पादनमा दिँदै आएको अनुदान सही उपयोग हुन नसक्दा उत्पादनमा ह्रास आएको प्रतिवेदनमा उल्लेख गरिएको छ । मन्त्रालयले आर्थिक वर्ष २०७७/०७८ मा रासायनिक मल खरिद, उन्नत बिउ–बिजन उत्पादन एवं खरिद, मत्स्य विकास, कृषि यान्त्रीकरण तथा खाद्य सुरक्षा बालीलगायतका कार्यक्रमका लागि १९ अर्ब ६८ करोड अनुदान वितरण गरेको थियो ।

रासायनिक मल खरिदका लागि कृषि सामाग्री कम्पनीलाई आठ अर्ब ७६ करोड, साल्ट ट्रेडिङ कर्पोरेसनलाई तीन अर्ब ३० करोड  अनुदान दिएको छ । कृषि क्षेत्रको अनुदानमा आर्थिक वर्ष २०७६/०७७ को तुलनामा १६.९३ प्रतिशतले वृद्धि गरे पनि खाद्यन्न उत्पादनमा १.८२ प्रतिशत, तरकारी उत्पादन २.६१ प्रतिशत फलफूल उत्पादन २४.०९ प्रतिशले वृद्धि भएको उल्लेख छ । विगत पाँच वर्षमा अनुदान बढेको अनुपातमा कृषिजन्य उत्पादन वृद्धि हुन नसकेको औँल्याएको हो ।

 कारबाही नगर्दा मल आपूर्तिमा समस्या 
 मल आपूर्ति गर्ने कम्पनीहरूलाई कारबाही गर्न नसक्दा मल आपूर्तिमा समस्या हुँदै आएको महालेखापरीक्षकको प्रतिदेनले जनाएको छ । रासायनिक मलको आवश्यकता पहिचान र विश्लेषण गरी खरिद योजना तयार नहुँदा कृषकले खेती लगाउने समयमा मल नपाएको महालेखाको प्रतिवेदनमा भनिएको छ । आर्थिक वर्ष २०७७/०७८ मा चार लाख ६५ हजार मेट्रिक टन रासायनिक मल खरिदमा लागि १६ ठेक्का व्यवस्थापन भएको थियो । तर, एक लाख मेट्रिकटनको ठेक्का रद्द भएको ६० हजार मेट्रिकटन मल आपूर्तिसम्बन्धी मुद्दा अदातलमा विचाराधीन रहेको र २५ हजार मेट्रिकटन मल नपाउँदा किसानलाई मलको अभाव भएको जनाएको छ । अघिल्लो वर्ष २०७७/०७८ मा प्राप्त मल चालू आर्थिक वर्षमा प्राप्त हुने भनिए पनि  आपूर्ति हुन सकेको छैन ।