नेकपा र एमाले विभाजनको असर सम्बद्ध कर्मचारी संगठनमा पनि परेको छ । नेकपा विभाजनपछि माओवादी केन्द्रको एक हिस्सा एमालेमा गएसँगै माओवादीनिकट कर्मचारी संगठनको एउटा हिस्सा एमालेनिकट संगठनमा प्रवेश गरेको छ । एमालेनिकट कर्मचारी संगठन भने पार्टी टुक्रिएसँगै विभाजनको डिलमा पुगेको छ । 

शनिबार माओवादी केन्द्रनिकट राष्ट्रिय कर्मचारी संगठनका एक सय एकजना केन्द्रीय सदस्यले एमालेनिकट नेपाल निजामती कर्मचारी संगठनसँग एकीकरण गरेका छन् । त्यसमा माओवादी केन्द्रनिकट संगठनका उपाध्यक्षसहित छन् ।

अर्कातिर एमाले विभाजनको असर आधिकारिक ट्रेड युनियनमा परेको छ । आधिकारिक ट्रेड युनियनमा रहेको आफ्नो हिस्सालाई फिर्ता बोलाएर नेपाल निजामती कर्मचारी संगठनले नयाँ समूह पठाउने निर्णय गरेको छ ।